马铃薯环腐病主要侵害马铃薯的维管束组织，导致植株生长迟缓、节间缩短、瘦弱、分枝减少和叶片变小。受害较晚的植株症状不明显，仅顶部叶片变小，不表现萎蔫。病株萎蔫症状一般在生长后期显著，自下而上发展，首先下部叶片萎蔫下垂而枯死。叶片沿中脉向内卷曲，失水萎蔫，叶色灰绿，植株早枯，叶片不脱落。切断茎秆，可见有乳白色粘性的细菌自维管束溢出。病薯块经过贮藏后，薯皮变为褐色，病株薯尾部皱缩凹陷，剖视内部，维管束环变黄褐色，环腐部分也有黄色菌脓溢出。薯块皮层与髓部易分离，外部表皮常出现龟裂，常致软腐病菌二次侵染，使薯块迅速腐烂。
地上部染病分枯斑和萎蔫两种类型。枯斑型多在植株基部复叶的顶上先发病，叶尖和叶缘及叶脉呈绿色，叶肉为黄绿或灰绿色，具明显斑驳，且叶尖干枯或向内纵卷，病情向上扩展，致全株枯死；萎蔫型初期则从顶端复叶开始萎蔫，叶缘稍内卷，似缺水状，病情向下扩展，全株叶片开始褪绿，内卷下垂，终致植株倒伏枯死。块茎发病切开可见维管束变为乳黄色至黑褐色，皮层内现环形或弧形坏死部，故称环腐。经贮藏块茎芽眼变黑干枯或外表爆裂，播种后不出芽或出芽后枯死或形成病株。病株的根、茎部维管束常变褐，病蔓有时溢出白色菌脓。