番茄酸腐病，又称番茄水腐病，主要发生在绿果上，通常从果蒂边开始发病。病斑初期暗淡，油渍状，随后变为污白色。病果后期呈现暗白色，水渍状，并散发出酸味。在表皮破裂处会产生白色厚粉状的病原菌。成熟或即将成熟的果实受侵染后，组织变软，果皮常爆裂，其上长有白色厚粉状的菌丝体和节孢子。腐烂发展迅速，细菌性软腐病往往紧随其后，加速果实F·B，增加酸臭味。
发病初期可喷洒30%绿得保悬浮剂400～500倍液、50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液、14%络氨铜水剂400倍液、77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，每隔10天左右喷洒一次，防治1～2次。采收前3天停止用药。