病菌先侵染残花,呈水浸状,后长出白色菌丝。茎蔓发病时,初在病部产生褐色水浸状斑,后长出菌丝。苦瓜菌核病的病原菌核遗留在土中或混杂在种子中越冬或越夏。菌核萌发后通过空气传播,从花和衰老叶片侵入。病原以分生孢子和健株接触进行再侵染。