炭疽病的病原菌为真菌。黑色炭疽病温度适宜潜育期仅3～4天，红色炭疽病菌还能直接侵入，潜育期5～7天。发病后病斑上产生的分生孢子靠风雨、昆虫及农事操作传播，进行再侵染。病菌喜高温、高湿条件，黑色炭疽病菌发育温度为12℃～33℃，红色炭疽病菌为15℃～35℃，相对湿度均要求95％，低于70％不适宜发育。灌水量大，通风排湿不好，环境闷湿极易发病。病菌适宜滋生温度12-33摄氏度，高温高湿天气下易于滋生和传播。
辣椒炭疽病是因半知菌亚门、刺盘孢属真菌侵染所致。病菌以分生孢子附于种子表面或以菌丝潜伏在种子内越冬，播种带菌种子便能引起幼苗发病；病菌还能以菌丝或分生孢子盘随病残体在土壤中越冬，成为下一季发病的初侵染菌源。越冬后长出的分生孢子通过风雨溅散、昆虫或淋水而传播，条件适宜时分生孢子萌发长出芽管，从寄主表皮的伤口侵入。初侵染发病后又长出大量新的分生孢子，传播后可频频进行再侵染。