甜瓜根腐病一般在定植后缓苗前发生，发病后若不及时防治，会导致甜瓜大片死棵。感病后的甜瓜根部及茎基部会出现水浸状，逐渐扩大、下边靠土近的主根出现凹陷腐烂。此病主要侵染根和根茎，染病部位初呈水渍状，以后呈黄褐色坏死腐烂。湿度大时根茎表面产生白霉，其病部腐烂处维管束变褐，但部向上发展而区别于枯萎病。随病害发展病部略收缩变细，植株或幼苗叶片由下向上逐渐褪绿萎蔫，最后枯死。后期病部全部腐朽，仅剩下丝状维管束组织。发病初期甜瓜植株茎基部与主根上部皮层呈水渍状、浅褐色，后逐渐至深褐色腐烂，最终皮层、组织破碎，仅留下丝状维管束。与此同时，发病植株叶片出现萎蔫或大部分叶片向上翻卷，初期叶片中午萎蔫，早晚恢复正常，反复几天后，植株因根部严重腐烂而萎蔫死亡。病株茎基部及主根上部有明显的皮层腐烂坏死，且根部须根较少，此病发病植株生长缓慢。
