连续冲施高钾型肥料，以促进膨果，若冲施过度，导致土壤含钾量过高，而钾离子的竞争能力强于钙离子，致使钾离子的存在抑制了钙离子的吸收；同时，土壤中若含氮量高，铵离子也易与钙离子发生拮抗作用，导致植株缺钙。另外，钙元素本身在植物体内的移动性很小，输送速度缓慢，再加上棚内相对湿度大，蒸腾作用差，钙元素在植物体内向上输送的动力小，更易导致植株缺钙。缺钙易发生脐腐病。
此病是由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因导致的生理性病害。一般在第一果穗坐果之后，植株处于生育旺盛阶段。遇干旱，特别是大棚栽培的，为预防灰霉病或菌核病的发生，采取降湿栽培措施，当叶片蒸腾需消耗大量水分，导致果实，特别是脐部的水分被叶片夺走时，造成果实内部水分失调，果实的生长发育受阻，形成脐腐。也因偏施氮肥，造成植株氮营养过剩，植株生长过旺，使番茄不能从土壤中吸收足够的钙和硼，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分的能力而引起脐腐病的。有时沿江的砂壤土，因土壤含盐量较高，也易引发缺钙的生理障害，一般在土壤中硼的含量低于0.5ml/L，或果实中钙的含量若低于0.2%，均易引发脐腐病的发生。
在中国上海及长江中下游地区，番茄脐腐病的多发季节主要在5-9月。通常在植株结果期，外界高温干旱，西南风向的热燥风大，植株因缺水导致吸水能力减弱发病严重；还常发生在多雨季节过后接连干旱，特别是在梅雨过后突然干旱也常导致发病。田块间土壤中氮肥偏多，营养生长过旺导致土壤缺钙，果实不能及时得到钙的补充，能引发病害。栽培上施用未腐熟的有机肥料或施肥过重过浓引起烧根或根系发育不良，使根系的正常吸水能力受影响，均易发病。