大葱锈病主要为害叶和花梗。患部散生椭圆形稍隆起的黄褐色小疱斑，后疱斑破裂，散出橙黄色粉末，为病菌夏孢子堆。严重时疱斑密布，不能食用。发病初期，产生大小0.5〜2毫米，椭圆形或梭形稍隆起的橙黄色疱斑，后表皮破裂向外翻，散出橙黄色粉末。植株生长后期病部形成大小1〜2毫米，长椭圆形稍隆起的黑褐色疱斑，其表皮纵裂后散出暗褐色粉末。发病严重时，叶片布满病斑，病叶变黄干枯。在叶片和花梗上形成椭圆隆起的小疮疱，后期破裂，周围表皮翻起，散出铁锈色粉末。随着病害进展，与病斑相邻处出现新的长椭圆形至纺锤形斑点。斑点隆起后纵向破裂，散出紫褐色粉末（冬孢子）。重症植株的叶片和花梗，呈麦秆色干枯。
