西红柿灰霉病的农业防治措施包括选用抗病品种、科学选地、种子消毒、培育壮苗、合理密植和加强肥水管理等。番茄灰霉病多发生在开花结果期，一旦发生难以彻底根除。由于灰霉病多从残留在幼果上的残花发病，因此及时去掉残留在幼果上的花瓣可大大降低灰霉病的发生。据试验，及时去掉幼果上的残花，灰霉病的发病率可减少90%以上，比喷药预防效果还要好，同时还可减轻早疫病和晚疫病的发生。
此外，防治灰霉病的农业方法还有合理轮作倒茬、加强田间管理、控制田间温度、增加田间光照和提高田间温度。加强水肥管理，剪除桔枝败叶，排除田间积水，改善通风透光也是有效的防治措施。番茄灰霉病的病菌为弱寄生菌，可在有机物上营腐生生活，在寡照条件下，空气湿度90%以上时，4～31℃可发病，但发育适温为20～23℃，最高32℃，最低4℃，对湿度要求严格，空气相对湿度达90%时开始发病，高湿维持时间长，发病严重。寡照、适温(20℃左右)、相对湿度大(90%以上)时有利于发病。