加强田间管理：对发病的地块进行深耕，将菌核深埋在土壤中，抑制菌核萌发，减少侵染来源；派水不良的地块，应平整土地及时派水，降低大豆田间湿度；在封垄前即使中耕培土，破坏萌发的子囊盘；适当地控制氮肥量，增施钾肥。病田收获后，应将病残体收集烧毁，消灭菌源。选择抗病品种，轮作，加强管理，病害发生后，结合气候条件，加强病情调查，及时药剂防治是生产上比较有效的控制措施。
大豆菌核病病菌子囊盘发生期与大豆开花期的重叠盛期是大豆菌核病的防治适期。喷施50%速克或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液；50%扑海因可湿性粉剂1200倍液；可喷施50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，用药量600千克/公顷。发生次病后可每公顷用40%菌核净可湿性粉剂1500-2250克兑水450-600公斤喷雾，或每公顷用50%多菌灵可湿性粉剂500-600克兑水450-600公斤喷雾。
为了有效地预防大豆菌核病，在播种前选种子时注意清除混在种子中的菌核，在发病地块上将大豆植株烧毁，实行深翻，把菌深埋于地下，实行合理的轮作，尽量避免重迎茬。于7月中旬大豆菌核病发病初期，用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液;或50%多菌灵可湿性粉剂300倍液喷雾，50%速克灵可湿性粉剂公顷用量750克，25%施保克乳油1050毫升/公斤喷雾，要求植株茎杆上及地面都要喷洒均匀，根据实际情况可隔7～10天再喷一次药。
轮作倒茬。可以通过和禾本科作物进行轮作3年以上，减少田间病菌的数量，能很好的起到预防效果。选择抗病性品种。在播种前选择抗病性矫情的品种进行播种，可以大大降低感染该病害的几率。清除病残体。针对田间掉落的叶片、茎杆或是豆荚等病残体，要及时的清理出田外，可以有效破坏病菌的生存空间，减少病菌的数量。但注意清除工作最好等到大豆收获后进行。注意排水。当遇到连阴雨天气，田间有积水时，要及时进行排水，尤其是低洼的地块，不能让田间长时间有积水，减少病害的发生和危害。