芝麻枯萎病是一种由真菌引起的病害，主要影响芝麻的根系和茎部。病菌通常从苗的根尖或伤口侵入，通过导管蔓延至茎叶，导致全株发病枯死。病株的茎基部呈现红褐色，剖开后可见维管束变褐，叶片变黄萎焉枯死，有时仅半边植株发病。
芝麻在各生育期均可感染此病，但成株期发病更为严重。苗期感染时，病苗会出现猝倒或枯死，症状类似于芝麻猝倒病。成株期发病时，叶片自下而上变黄萎蔫，叶缘内卷，逐渐变褐干枯。严重病株的茎基部呈红褐色，根部褐色，全株枯死。感病较轻或较迟的植株，主要表现为半边根系和相应的茎秆一侧出现红褐色干枯条斑，受病一侧的叶片变黄，萎蔫枯死。
在湿度大的条件下，病部会出现一层粉红色黏质粉状物，即病原菌的分生孢子梗和分生孢子。剖开病茎，可见病部木质部维管束褐色。发病株的蒴果较小，早熟易裂，种子瘦瘪。