辣椒病毒病除为害辣椒外，还为害番茄、白菜、黄瓜等作物。露地栽培辣椒发生十分普遍，温室栽培发生比较轻。辣椒病毒病主要有两种类型，一种是花叶坏死型，病叶呈现明显的浓绿与浅绿或黄绿相间的花叶症状，部分品种叶片出现坏死斑，引起落叶、落花、落果，严重时整株死亡。另一种为叶片畸形和丛簇形，发病期间叶片褪绿，出现斑驳、花叶、叶片皱缩，凸凹不平，变小、变窄，呈线状，茎节间缩短，有时叶片丛生呈簇状，植株矮化，果实现深绿与浅绿相间的花斑，果小，变畸形，易落花、落果、落叶。
辣椒病毒病发生后造成辣椒三落（落花、落叶、落果），田间症状十分复杂。最常见的有两种类型，其一为斑驳花叶型，所占比例较大，这一类型的植株矮化，叶片呈黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时有褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。其二为黄化枯斑型，所占比例较小，植株矮化，叶片褪绿，呈黄绿色、白绿色甚至白化。植株顶叶变小，狭长，中、下部叶片上常生有褐色坏死环状斑（褪绿变黄的组织上由许多褐色坏死小点组成环状斑），有时病斑部开裂，病叶极易脱落。后期腋芽抽生丛簇状细小分枝。
主要危害高山辣椒叶片。常见有花叶、黄化、坏死、顶枯和畸形等症状。花叶分为轻型花叶和重型花叶两种类型。轻型花叶病叶初现明脉轻微褪绿，或现浓、淡绿相间的斑驳，病株无明显畸形或矮化，不造成落叶；重型花叶除表现褪绿斑驳外，叶面凹凸不平，叶脉皱缩畸形，或形成线形叶，生长缓慢，果实变小，严重矮化。黄化：病叶明显变黄，出现落叶现象。坏死：病株部分组织变褐坏死，表现为条斑，顶枯，坏死斑驳及环斑等。畸形：病株变形，如叶片变成线状，即蕨叶，或植株矮小，分枝极多，呈丛枝状。有时几种症状同在一株上出现，或引起落叶、落花、落果，严重影响辣椒的产量和品质。
由于病毒病的病毒源不一样，表现出来的症状也不一样，主要包括花叶型、黄化型、坏死型等症状。花叶型：在发病初期，病叶会轻微褪绿，出现浓淡相间斑纹，严重时，病株叶脉皱缩畸形，形成线形叶，生长变缓，果实瘦小并出现不同线斑，矮化严重。黄化型：病叶变黄，严重时植株上部叶片全部变黄，植株矮化，并伴有落叶。坏死型：顶枯指植株枝杈顶端幼嫩部分变褐坏死，斑驳坏死可在叶片和果实上发生，病斑红褐色或深褐色，并出现穿孔，叶片加速黄化脱落，条纹状坏死主要表现在枝条上，病斑红褐色，严重是整株枯干。畸形型：叶片畸形，会出现深浅不均的斑驳，叶面皱缩，产生大型黄褐色坏死斑，后期植株上部节间短缩，果实表面出现绿色不均匀花斑。