南瓜疫病防治应采用综合措施，重点喷药保护。首先，选用抗病品种，并实行与非瓜类作物3年以上的轮作。其次，采用高畦深沟种植，畦面呈龟背形，防止雨后积水。农杂肥要充分腐熟，南瓜架棚要高搭，避免下垂瓜接触地面，同时注意通风，防止湿气滞留。坐果后及时摘除病花、病果并集中烧毁。
在发病初期，可选用75%敌克松800倍液、30%土菌消500倍液、72%普力克700倍液、47%加瑞农800倍液或农用抗生素等药剂进行喷雾防治，雨季隔10天一次，连续3次。此外，也可使用多菌灵、甲基托布津、甲维盐、烯酰吗啉、霜霉威盐酸盐或银法利等农药进行防治。平整土地、合理浇水，严禁大水漫灌，雨后及时排水，严防湿气滞留也是有效的防治措施。