南瓜细菌性病害的防治可选用多种药剂。在发病初期或蔓延开始期，可使用14%络氨铜水剂300倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液、50%琥胶肥酸铜(DT)可湿性粉剂500倍液、60%琥乙膦铝(DTM)可湿性粉剂500倍液或77%可杀得可湿性微粒粉剂400倍液进行喷洒，每亩用兑好的药液60~75升，连续防治3-4次。琥胶肥酸铜对白粉病、霜霉病有一定兼防作用。此外，也可选用硫酸链霉素或72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液、1：4：600铜皂液或1：2：300-400波尔多液。40万单位青霉素钾盐对水稀释成5000倍液也有效。在发病初期还可以选用噻霉酮、喹啉酮、氯溴异氰尿酸等农药来防治。一般用70%的代森锰锌乳油800倍喷雾，间隔期为一周左右。加强水肥管理，病虫害防治也是重要的措施。
