芹菜软腐病是细菌性病害，主要危害叶柄基部。苗期染病，出现心叶坏死腐烂，呈烧心状。成株期主要发生在叶柄基部、茎基部和茎上。发病初期出现水渍状淡褐色纺锤形或不规则形的凹陷病斑，后迅速扩展，呈黄褐色或黑褐色，内部组织腐烂并有恶臭味，干燥后变黑色，最后仅残留表皮和维管束，严重时生长点烂掉下垂，全株枯死。
一般在生长中后期封垄遮荫、地面潮湿的情况下易发病。病菌主要在土壤中越冬，通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入，发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延。由于病菌寄主广泛，一年四季均可在各种蔬菜上侵染和繁殖，因此会对各个季节栽培的芹菜均可造成危害。