选择抗病品种。轮作倒茬：与禾本科作物实行5-6年轮作。深翻土壤：秋收以后将地面上的菌核翻入深土中10厘米以下，使其不能萌发。清除田间病残体，减少病源，发现病株拔除并集中进行烧毁。适时晚种，错开雨季，减少病害发生。增施磷、钾肥，少施氮肥。药剂防治：可用50%腐霉利或40%菌核净可湿性粉剂拌种。发病初期喷洒40%纹枯利可湿性粉剂800-1200倍液、50%腐霉利可湿性粉剂1500-2000倍液喷雾。加强肥水管理，提前选择吡唑醚菌酯加氟环唑喷雾防治。加强田间调查监测，在发病初期噴施对应杀菌剂预防。种前用10%盐水进行选种，除去菌核、病粒、秕粒。洗净晒干后选用50%速克灵可湿性粉剂、50%腐霉利或50%菌核净可湿性粉剂（用量为种子量的0.3-0.5%）进行拌种。向日葵菌核病的防治以预防为主，生化防治为辅。
