南瓜疫病在北方寒冷地区以卵孢子在病残体和土壤中越冬，种子上不能越冬，菌丝因耐寒性差也不能成为初侵染源；在南方温暖地区病菌主要以卵孢子、厚垣孢子在病残体或土壤及种子上越冬，其中土壤中病残体带菌率高，是主要初侵染源。该病以土壤传播为主，喜高温高湿条件，高温高湿、雨后闷热极易使疫病流行，气候条件与病害的发生关系密切，在适宜发病的温度范围内，雨季长短和降雨量多少是疫病发生流行的决定性因素，田间发病高峰多在雨量高峰之后。病菌以菌丝体、卵孢子和厚垣孢子在病残体、土壤和未腐熟的粪肥中越冬，成为翌年的初侵染源。夏初，瓜株伸蔓后，土壤中的病菌先侵染瓜株基部茎蔓，以后扩展到叶和瓜上。植株发病后，在潮湿的条件下，病斑上产生孢子囊，孢子囊及其萌发的游动孢子又借风雨、灌溉水等进行再侵染，使病害传播蔓延。
