南瓜棉腐病主要危害果实，也可危害叶、茎等部位。果实染病后，初期出现水渍状斑点，随后迅速扩展为褐色大斑，最终导致果实腐烂，表面长出白色棉絮状菌丝。茎部染病时，病部变褐，呈水渍状腐烂，病部以上茎叶迅速萎蔫。叶片染病后，出现不规则水渍状病斑，湿度大时病斑迅速扩展，形成大型黄褐色病斑，最终导致叶片腐烂。
该病由瓜果腐霉菌引起，病菌在土壤中越冬，条件适宜时侵染南瓜。高温高湿、地势低洼、土壤粘重、排水不良、施用未腐熟农家肥、种植过密、通风透光差等均有利于病害发生。
防治方法包括：采用高畦深沟种植，畦面呈龟背形，防止雨后积水；农杂肥要充分腐熟；南瓜架棚要高搭，避免下垂瓜接触地面；注意通风，防止湿气滞留。发病初期可喷施75％敌克松800倍液，或30％土菌消500倍液，或72％普力克700倍液，雨季隔10天一次，连续3次。