最初是植株中午萎蔫，晚上和早上可以恢复，反复几天后，整株死亡。注意观察病株的根茎部和根部，皮层变成淡褐色至深褐色腐烂。皮层很粗糙，易剥离，常会露出暗色的木质部。其变色部位仅限于根部和根茎部，这是与辣椒枯萎病的最大区别。
辣椒根腐病主要危害辣椒根茎部及维管束。发病初始，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复；发病中期，病株初期症状反复2-4天后，顶部叶片无法恢复，萎蔫症状向中下部扩散，浇水也无法减轻症状，再经2-3天，全株叶片全部娄蔫，但叶片仍呈绿色。发病后期，病株的根茎部呈淡褐色或深褐色腐烂，极易剥离，露岀木质部，可见维管束变褐色；潮湿时可见病部长出白色至粉红色黏质物，即病菌的分生孢子梗及分生孢子。
该病多在辣椒成株期里染上，发病初期，辣椒病株枝叶特刷是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复，症状反复数日后叶片伞部萎蔫，但叶片仍呈绿色，病株的根茎部及根部皮层呈淡褐色及深褐色腐烂，极易剥离，露出木质部；横切茎观察，可见维管束变褐色，后期潮湿时可见病部长出白色至粉红色霉层。
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