韭菜的病虫害主要包括韭蛆、葱蝇、韭菜潜叶蝇、蚜虫和灰霉病。防治这些病虫害应从根源抓起，选取抗病的优良品种，实行轮作倒茬，减少病虫害发生。加强田间管理，选择合适的土壤，注意光照、温度、湿度等问题。多施有机肥，加快韭菜生长，从而降低病虫害发生的机率。
防治方法包括：①农业防治。清除病叶和残株，发现有被幼虫蛀食的叶子应带出田外深埋；韭菜收获后清理残株落叶，沤肥或烧毁，可减少虫源，并深翻土壤，冬季冻死越冬蛹。②化学防治。成虫盛期喷洒25%喹硫磷乳油1000倍，20%速灭杀丁1000倍，7.5%鱼藤氰乳油1000倍、10%烟碱乳油800倍液均能起到较好的防效。露地栽培韭菜生长期病虫害防治，除了采取农业措施和物理防治外，药剂控制也是很重要。