莴笋常见的病虫害包括裂茎、霜霉病、软腐病、灰霉病、菌核病和蚜虫等。
一、莴笋霜霉病：由莴笋盘梗霉菌侵染的真菌性病害，成株期叶片自上而下发病，潮湿时有白色霜状霉层。风雨昆虫，高温低温，栽植过密均可诱发此病。防治方法：72.2％霜霉威600-800倍液、64％恶霜锰锌可湿性粉剂（杀毒矾）500倍、58%甲霜锰锌可湿性粉剂500倍、69%烯酰吗啉锰锌可湿性粉剂600倍、72%霜脲锰锌可湿性粉剂600倍。以上五种药剂交替使用，每周喷打一次。
二、莴笋菌核病：由核盘菌侵染所致真菌病害，多从茎部发病，引起组织发病腐烂。表面有白絮状菌丝，内有黑色鼠粪状菌核，病株上部很快萎缩死亡。低温潮湿，多雨或田间积水以及密度过大，均能促进发病。防治方法：实行水旱轮作，选用抗病优良品种，盐水选种后50℃温水浸泡10分钟，可减少种子带菌；高畦栽培，合理密植，多施有机肥(腐熟农家肥)做基肥，避免偏施氮肥，增施磷、钾肥，防止植株陡长；及时拔除病株，发病初期喷施腐霉利、速克灵、农利灵、甲基托布津、菌核净等。
三、莴笋软腐病：属于细菌性病害，一般发生在中后期。防治方法：可用72％农用链霉素可溶性粉剂3000-4000倍或3%中生菌素可湿性粉剂（佳爽）600倍灌根，每周灌一次。
四、莴笋灰霉病：由灰葡萄孢引起的真菌病害。病菌的分生孢子随气流传播以及菌核遗留在土壤中并混入流水里传播到叶柄叶片，发病时表面产生灰色霉层，排水不良，低温多湿易发病。防治方法：50％农利灵1000倍、50％多霉威600倍、50％腐霉利1000倍、40%嘧霉胺悬浮剂800倍、50%异菌脲800倍。以上五种药剂每周1次，交替使用，连喷三次即可。
五、蚜虫：保护七星瓢虫等天敌，利用黄板诱杀有翅蚜。防治方法：选用抗蚜威、啶虫脒、吡虫啉、功夫、敌杀死、克蚜宝等药剂。
六、斑潜蝇：可采用与辣椒、番茄、茄子等间作，结合黄板诱虫。防治药剂可选用阿维菌素类（新科、爱福丁）、灭蝇胺、杀虫双、卡死克等。