病菌以菌丝体和分生孢子盘在病残体中越冬，以分生孢子作为初侵染来源，在田间借风雨及昆虫传播，由气孔、伤口或直接由表皮侵入。高温多湿有利于病害发生流行。果实储运期间，病菌可继续借助病、健果接触侵染而发病。本病具有潜伏侵染的现象，病菌在幼果期侵入，直到果实近成熟时显露症状发病。炭疽病病菌一般在木瓜病残体（病叶、病查）中越冬，在气温28～32℃、高温多湿条件下，借风雨及昆虫进行传播，由气孔、伤口或直接由表皮侵入。炭疽病病菌还可以潜伏于青果中，待果实转黄时才扩展危害形成病斑。瓜田积水或采摘时弄伤果皮均有利于炭疽病的发生。
