芹菜菌核病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先选种与种子消毒，对棚舍进行消毒，实行轮作，加强田间栽培管理。最后再结合化学药剂进行防治。轮作倒茬，与葱蒜类轮作，在无病害的土壤上培育壮苗；多施腐熟有机肥，从无病地或无病株上采种，播种前晒种，并用新高脂膜拌种以驱避地下病虫；及时清除病株，喷施40%菌核净可湿性粉剂（1000倍液）等针对性药剂进行防治，同时配合喷施新高脂膜（800倍液）增强药效，提高药剂有效成分的利用率，巩固防治效果。
农业防治:播种前筛去菌核,或用10%食盐水漂种,汰除菌核并用清水洗净后播种。发病地块及时拔除田间病株,收获后清除病残体,并带出田外深埋或烧毁,深耕土壤,加速病残体的腐烂分解,减少田间病原菌。
药物防治:用40%施佳乐悬浮剂1000倍或43%好力克悬浮剂4000～6000倍或50%扑海因可湿性粉剂1000倍或50%速克灵可湿性粉剂1000倍进行防治。