一般情况下，黏重地、低洼地、酸性土壤、土质瘠薄地、易积水地、地下害虫较多的地块，苦瓜枯萎病发病率较高；连作重茬、施用未腐熟农家肥、偏施氮肥、种植过密、灌水过多的地块发病率高；不同品种表现的枯萎病发病率也有差异。苦瓜枯萎病的病源是镰刀菌，主要以菌丝、菌核、孢子在土壤中的病残体上越冬，能在土中存活5年左右，种子和未充分发酵的粪肥也能带病菌。病菌从幼苗根部、茎基部的伤口侵入，在维管束内繁殖，借导管蔓延，也可通过灌溉水、雨水和昆虫传播。此病在苦瓜全生育期都能发病，结果期发病最重。病原以厚垣孢子或菌丝体在土壤、肥料中越冬，成为次年主要初侵染源，通过灌溉水或雨水传播，从植株地上部的伤口侵入进行再侵染，地下部当年很少再侵染。天气湿闷时发病重，连作地或施用未充分腐熟的土杂肥，地势低洼、植株根系发育不良易发生枯萎病。
