芹菜斑枯病是真菌病害，由半知菌亚门壳针孢属芹菜壳孢菌侵染致病。病菌主要以菌丝潜伏在种皮内或病残体上越冬，可存活1～2年。第二年温、湿度适宜时，主要通过风雨、水滴及农事操作传播，在有水滴的状态下，分生孢子萌发产生芽管，从气孔或直接侵入，致寄主发病。病斑上产生分生孢子器和分生孢子，可进行多次重复再侵染。病菌发育适温20～27摄氏度。该病在低温、高湿条件下易发生。天气冷凉、多雨或高湿，病害极易流行，昼夜温差大，雾露重，或大水漫灌，棚室通风不良，湿度过大以及植株发育不良等，均会加重病情。
主要危害叶片，也危害叶柄和茎秆。叶片发病初为浅褐色油渍状小点，后发展成黄褐色至黑褐色环死斑，病斑一般较大，近圆形，边缘为墨绿色，病斑上散生黑色小点。叶柄和茎部染病，多形成梭形褐色坏死斑，凹陷，边缘呈浸润状，病部散生黑色小点。病部严重时植株表面病斑密布，坏死干枯。