西红柿主要病害有疫病、病毒病、落叶病、霜霉病和灰霉病等，主要虫害有蚜虫、潜叶蝇和斑潜蝇等。疫病可用50%明安800倍或52.5%美净1500倍农药喷雾防治，7-10天一次。叶霉病可用40%腈菌唑悬浮剂75%稳收1500倍或5%戈美1000倍+25%博青800倍喷雾防治，8-10天进行一次。灰霉病可用20%腐霉利悬浮剂500倍20%嘧霉胺可湿性粉剂等药物对幼苗进行喷晒防治。溃疡病可使用47%倍得乐可湿性粉剂800倍或正生悬浮剂1200倍喷雾防治。
1、因地制宜选用商品性好、产量高的抗（耐）病品种。
2、种子处理：利用高温对种子进行处理，杀死表面附着的病原菌。针对当地的主要病害选用下述消毒方法。
3、苗床消毒：用50%多菌灵可湿性粉剂与50%福美双可湿性粉剂按1：1混合，按每平方米用药8-10克与15-30公斤细土混合。播种时1/3铺在床面，其余2/3盖在种子上。
4、安装防虫网：棚室的放风口用防虫网封闭，孔径为25－40目，幅宽1－1.2米，覆盖在放风口处。
5、还要适当的补施点沃叶叶面肥，为番茄快速补充营养，恢复长势。