打杈是在整枝过程中摘除多余的侧枝，以减少养分消耗，避免旺长，促进结果。大棚西红柿打杈的最佳时间应选在晴天，尤其是在上午10点至下午3点之间。这段时间温度较高，空气湿度相对较低，有利于伤口愈合，减少植株感染病害的几率。打杈后应立即喷洒杀菌剂，防止伤口侵染病害。
连续阴天时不宜打杈，因为伤口愈合速度慢，病菌容易从伤口侵入，导致大面积传染。傍晚也不建议打杈，夜间温室内湿度较大，未愈合的伤口容易受到病害侵袭。此外，每次浇水后的两天内不要进行打杈，因为浇水后植株含水量大，打杈产生的伤口更大且不易愈合。为避免感染病害，应在浇水后两至三天再进行打杈，并选择晴天上午进行。