菌核病的发生与田间湿度过大密切相关。浇水过多、田间遮荫、不透风、氮肥过多都会引发该病。菌核在土壤中或混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的菌核随播种进入田间，或遗留在土中的菌核在适宜温湿度条件下萌发，产生子囊盘并释放子囊孢子，通过气流传播，侵染衰老花瓣或叶片，形成白色菌丝，开始为害柱头或幼瓜。在田间，带菌雄花落在健叶或茎上，通过菌丝接触引发病害，并以这种方式进行重复侵染，直到条件恶化，重新形成菌核落入土中或随种株混入种子间越冬或越夏。南方2-4月及11-12月是发病高峰期，北方则在3-5月发生较多。
