芹菜主要病害：芹菜叶斑病、芹菜斑枯病、芹菜灰霉病、芹菜菌核病、芹菜软腐病、芹菜细菌叶枯、芹菜病毒病、芹菜丛枝病、芹菜根结线虫病、芹菜缺钾症、芹菜缺硼症、芹菜缺钙症、芹菜缺铁症等。芹菜虫害：蝼蛄、蛴、地老虎、金针虫、野蛞蝓、蜗牛、芹菜蚜、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾、银纹夜蛾、茴香凤蝶、折粉虱、红蜘蛛、茶黄螨、美洲斑潜蝇、南美斑潜蝇等。主要注意菜青虫，粉虱，蚜虫，霜霉病，病毒病。前期种植的时候尽量选择抗病性较强的品种；播种前用48度的温水把种子泡半小时；后期发现病体及时清除，注意空气的流通性；可用药物喷剂预防与治愈。常见的虫害主要有蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等，可用吡虫啉、蚜螨虫威、斑潜净等药物喷剂除杀。
