细菌性果斑病发生时减少浇水次数，叶面喷施中生菌素。在发病前开始喷洒30%碱式硫酸铜悬浮剂400～500倍液或47%加瑞农可湿性粉剂800倍液，隔10天左右1次，防治2～3次，采收前3天停止用药。加强检疫，不用病区的种子，发现病种应在当地销毁，严禁外销。选用优良早熟品种，怀疑种子有带菌可能的，用40%福尔马林150倍液浸种30分钟后用清水冲净浸泡6～8小时，再催芽播种。有些西瓜品种对福尔马林敏感，用前应先试验，以免产生药害。对福尔马林敏感的品种，可用50℃温水浸种20分钟，再催芽播种。实行轮作，施用充分腐熟有机肥，采用塑料膜双层覆盖栽培方式。
