苹果树的主要病害有苹果白粉病、根腐病、褐斑病、腐烂病、果实轮纹病、霉心病、炭疽病、锈果病、褐腐病、锈病、黑点病、黑星病、斑点落叶病等。主要虫害有叶螨类、蚜虫、介壳虫、金纹细蛾、卷叶蛾、金龟子、果实蝇、红蜘蛛、山楂叶螨、桃小实心虫、桔小实蝇等。