对碱性土壤进行改良，避免土壤呈严重的碱性反应。改良酸性土壤时，石灰用量不要过大，施用要均匀，施用过量反而会使土壤呈碱性。注意定植时不要伤根。如果发现缺铁，可叶面喷施0.2%-0.5%的硫酸亚铁水溶液。当土壤PH达到6.5-6.7时，就要禁止使用碱性肥料而改用生理酸性肥料，当土壤中磷过多时可采用深耕等方法降低其含量。如果缺铁症状已经出现，可用浓度为0.1%-0.5%硫酸亚铁水溶液对番茄喷施。
营养液配方的选择。番茄无土栽培营养液配方要求均衡稳定，符合番茄正常生长发育的需要。目前许多营养液配方是通用型的，在生产栽培之间应进行实验栽培，然后筛选符合生产实践要求的营养液配方。加强营养液管理。这是防治缺铁症和缺锰症的关键。定期测定营养液浓度和pH值，必要时可在营养液中添加铁或锰元素，此外通过叶面追肥可缓解缺铁或缺锰症。缺铁，可用0·3％硫酸亚铁水溶液或100ppm柠檬酸铁水溶液喷施；缺锰，可用0·1％硫酸锰水溶液进行喷施。