枸杞黑果病是真菌病害，主要为害果实，也侵染嫩枝、叶、花。青果发病初期，果面出现针头大褐色小圆点，后扩大呈不规则病斑。病斑凹陷变软，变黑，气候干燥时果实干缩，病斑表面长出近轮纹状排列的小黑点，潮湿时病果表面出现橘红色孢子团。侵染嫩枝、叶尖、叶缘，出现半圆形褐色斑，田间湿度大时呈湿腐状，表面出现橘红色黏液小点。花和花蕾受侵染后变黑，不能开花结果。青果发病后，早期出现小黑点或黑斑或黑色网状纹。阴雨天，病斑迅速扩大，使青果变黑，不能成熟。晴天病斑发展慢，病斑变黑，未发病部位仍可成熟为红色。花感病后，花瓣出现黑斑，轻者花冠脱落后，幼果能正常发育，重者子房发黑，不能结果。幼蕾感病后，初期出现小黑点或黑斑，严重时整个幼蕾变黑，不能开花。枝叶感病后出现小黑点或黑斑。青果受害后，果上开始出现数个小黑点或不规则状褐斑。在湿度大的阴雨天，病斑迅速扩大，2～3天蔓延全果，变成干硬的黑果，并长出橘红色孢子堆，无法入药。晴天时，扩展慢，果实局部变黑，成为次品，降低药效。田间末开花的花蕾和小花亦受病菌侵染，花蕾感病后，蕾上出现黑斑，轻者成为畸形花，严重时成为黑蕾，不能开花，小花受害，轻者花瓣上出现黑斑，重者变成黑花，子房干瘪，不能结实。
