大蒜锈病主要侵染叶片和假茎。病部初为梭形褪绿斑，后在表皮下现出圆形或椭圆形稍凸起的夏孢子堆，表皮破裂后散出橙黄色粉状物，即夏孢子，病斑四周具黄色晕圈，后病斑连片致全叶黄枯，植株提前枯死，生长后期，在未破裂的夏孢子堆上产出表皮下破裂的黑色冬孢子堆。
在发病初期开始喷药保护。药剂可选用40%福星乳油5000~6000倍液，或10%世高水分散粒剂1500倍液，或15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液，或70%品润干悬浮剂600~800倍液，或25%敌力脱乳油3000倍液，或75%灭锈胺可湿性粉剂1000倍液等，喷雾防治。每隔7~10天1次，连用2~3次，具体视病情发展而定。或用10%苯醚甲环唑1500倍液，或25%丙环唑乳油3000倍液叶面喷雾，7~10天防1次，连防2~3次。可选烯唑醇、戊唑醇、己唑醇等药剂喷雾防治。