病菌以菌丝潜伏在种子内或随病残体在土壤中越冬。翌年条件适宜时,从根毛、根尖和根部伤口侵入幼苗根部,进入导管,沿着导管向上蔓延至茎、叶、蒴果和种子。播种带菌种子,也可引起幼苗发病。芝麻收获后病菌又在土壤、病残株和种子内外越冬,成为第2年的初侵染源。