丝瓜黑星病的防治措施包括选择多菌灵或百菌清等进行喷雾防治。发病初期，可使用氟硅唑、嘧菌酯、苯甲嘧菌酯、吡唑醚菌酯等喷雾防治，间隔5-7天，连喷2-3次。此外，应选择抗病品种，及时清除田间杂草并集中销毁。定植前用硫磺消毒，播种前沟施灭菌杀虫的药土，施用完全腐熟的有机肥。发病初期还可用代锰锌可湿性粉剂600倍或扑霉灵乳油2000倍液进行防治。
播种前或移栽前，或收获后，应清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。与非本科作物轮作，水旱轮作最佳。选用抗病品种和无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度。种子灭菌，保护地：在定植前10天，用硫磺粉2.3g每立方米，加锯末混合后分放数处，点燃后密闭棚室熏1夜。