由于近交衰退，杂种二代与一代相比较，生长势、生活力、抗逆性和产量等都显著下降。通常，杂种二代的产量比一代减产50%以上。玉米一般用于生产的都是杂交种，种植后的产物再种时称为二代种子，杂交种种植有杂种优势，而杂种优势在二代身上几乎散失，所以种植后会减产。杂交二代种子生长时性状发生分离，出现杂交亲本性状的植株，不具杂交优势，导致产量下降。种二代种子没有杂交优势，风险很大，甚至可能绝收。常规种一般都是留种自用，而杂交种只是利用杂交制出的子一代的杂交优势进行商品粮的生产，而第二代就会发生基因分离，产生的苗生长不均匀，产量高低不一，杂交优势尽失，进而影响整个产量。
