病菌腐生能力很强，病残体分解以后，病菌仍可在土壤中存活5年左右，种子也可带菌。病菌从根部伤口或根部尖端细胞侵入。日平均气温上升到24～28℃时发病最重。相对湿度80%以上，特别是土壤含水量高时病害发展迅速。低洼地、肥料不足，又缺磷、钾肥，土质粘重，土壤偏酸和施未腐熟肥料时发病重。一是种子带菌，二是土壤带菌，三是人为因素。葱枯萎病的病菌可在土壤中存活传播，风、雨传播。主要以卵孢子随病残体在土壤中存活,秋季侵染幼苗或种株鳞茎内的菌丝体,形成系统侵染。洋葱枯萎病病原菌生成菌丝、厚垣孢子和大小两种分生孢子。病菌以厚垣孢子形态留在土壤中，从伤口侵入洋葱。在大田，病菌还可以由蝇类幼虫食痕处侵染。
