在苦瓜病毒病发病初期喷洒1.5%植病灵乳油1000倍液，或0.1%高锰酸钾水溶液，或抗毒剂1号300倍液，或24％混脂酸·铜水剂700-800倍液，或2%宁南霉素水剂200～400倍液、或20%吗胍·乙酸铜可湿性粉剂500～600倍液、或1.05%氮苷·硫酸铜300～500倍液。选择优良品种，合理施肥，不要偏施氮肥，及早除去病株。
防治苦瓜病毒病，目前尚无能根治的好药剂，只能防止病毒的进一步扩展。其一是治好虫，防止病毒借蚜虫和温室白粉虱进行传播，可选用25%阿克泰水分散粒剂6000-8000倍液、70%艾美乐水分散粒剂10000-15000倍液、5%啶虫咪乳油2500-3000倍液，在加入新高脂膜500倍液，重点喷叶背和生长点部位。其二是喷洒病毒钝化剂，如用20%病毒A可湿性粉剂400-600倍液，可增强植株对病毒的抵抗力及耐病性。发病初期用5%菌毒清200-300倍液再加入新高脂膜500倍液喷施1-2次，有一定效果。
苦瓜病毒病的防治主要采取杀灭白粉虱子与蚜虫，早发现早治疗的措施。药剂防治：选用不带毒种子种子消毒，防控好传毒昆虫。