辣椒根腐病主要危害茎基部和维管束，导致植株部分枝叶变黄萎蔫，茎内维管束褐变。湿度大或生育后期，茎基部或根茎部可能腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。木贼镰刀菌等侵染幼苗根茎部，可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗；尖镰孢菌侵染种子后，发芽率下降62%，幼苗矮化、茎部缢缩、弯曲或子叶垂萎等畸形症状；茄腐镰刀菌侵染种子后，发芽率降低52%，病菌首先侵染根及根茎部，初为水浸状，后腐烂，致幼苗枯死或矮化。
辣椒根腐病的原因包括气候、施肥、管理技术、栽培技术、病虫害防治、密度不合理、光照不足、连阴雨、湿度过大等。防治措施包括选择抗病品种、合理密植、培育无病矮壮苗、科学施肥、起垄双行移栽、注意防旱、防涝、防病、防虫、增强通风透光、提高科学的肥水条件、科学的管理技术等。由于种植结构的调整，保护地面积增加，轮作倒茬困难，辣椒连作过程中根腐病发生越来越重，轻者减产20-30%，重者减产50%以上甚至绝产，严重影响了辣椒的产量和质量。