芹菜病毒病防治方法包括：首先，控制蚜虫和飞虱等传播媒介，减少病毒传播。其次，使用病毒康喷施，并加入生长调节剂。此外，实施水旱轮作，加强水肥管理，并在发病初期用药防治。药剂防治可选用0.1%的高锰酸钾溶液、20%病毒灵1000倍液、抗毒素700倍液、5406细胞分裂素300倍液加双效灵400倍液再加20%的磷酸二氢钾溶液的混合药液，在发病初期每隔7天用药一次，连续喷3-4次；也可用1.5%植病灵1000倍液，在苗期或发病前期防治，间隔10-15天用药一次，连续喷施3-5次。
农业防治措施包括：种子播种前用10%磷酸三钠浸种40分钟；治蚜防病；育苗期易感病，须降低苗床温度；合理密植；增施有机肥，避免偏施氮肥；发现病株及时拔除，集中烧毁。化学防治措施包括：苗期喷施10%混合脂肪酸水乳油100倍液，发病初期喷施25%吗胍·乙酸铜可湿性粉剂500-800倍液或1.5%植病灵乳油600倍液等抗病毒药剂。
芹菜的常见病害有软腐病、病毒病、早疫病、菌核病等。前期种植时尽量选择抗病性较强的品种；播种前用48度的温水把种子泡半小时；后期发现病体及时清除，注意空气的流通性；可用药物喷剂预防与治愈。常见的虫害主要有蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等，可用吡虫啉、蚜螨虫威、斑潜净等药物喷剂除杀。施基肥用腐熟有机肥加高钾复合肥，不偏施氮肥；种植后用吡虫啉加病毒灵喷雾防治，每15天喷一次，连喷2-3次。