植株受侵染后，多表现出花叶或心叶萎缩，老叶提早枯死，有的表现出浓绿淡绿相间的斑驳状，新叶变黄、明脉。有的表现为叶形细小，叶缘卷起，畸形或缩节丛生，植株矮化，也有的叶片表现为坏死斑，甚至心叶坏死，导致全株死亡。
菠菜病毒病最初表现症状为心叶叶脉退绿，称为明脉症。随着病情的发展，出现以下3种症状：1、花叶型。病株叶片上生出许多黄色斑点，逐渐发展成不规则的深绿和浅绿相间的花叶，叶片边缘向下卷，病株无明显矮化。2、矮化型。病株除了出现花叶症状外，叶片还会变窄、皱缩并有瘤状突起，心叶卷缩，植株严重矮化。3、坏死型。病株叶片上生出病斑，发病严重时，导致心叶坏死，最后全株死亡。为害严重时，病株卷缩呈球状。采种株发病，显着矮化，结实不良。