播种时，采用58%甲霜灵？锰锌可湿性粉剂、2.5%咯菌腈悬浮种衣剂和链霉素混合液拌种，可有效防止干腐病的发生。贮藏时，可用苯来特、多菌灵、甲霜灵锰锌等药剂浸泡；喷雾、喷粉或熏烟处理种薯也可减轻干腐病，但成本相对较高。用硫磺粉、高锰酸钾与甲醛的混合剂或百菌清等熏蒸方法对储窖进行也可达到同样的效果。
农业防治方面，选择无病、优质抗病的种薯做种；整薯种植，避免产生切口加大病原菌的侵染率，导致病害发生。在土壤湿度大、气温较低时，应适当延迟播种。
化学防治中，常采用有机汞化合物来防治干腐病。建议尽量不要用化学药剂喷洒浸泡，用益富源微生物营养液喷洒储窖也可达到同样的效果。