病菌以子囊壳、厚垣孢子、菌丝体或菌核在土壤中及病残体上越冬，厚垣孢子可在土壤中存活5～10年，为主要侵染源。病菌从根部伤口侵入，发病后在病部产生分生孢子，借雨水或浇水传播蔓延，进行重复侵染。高温高湿利于发病，连作、地势低洼、土壤黏重、地下害虫严重，或施用未腐熟肥料烧伤根系等发病严重。根腐病主要通过土壤传播，大水漫灌有利于该病蔓延。据试验，在PDA平面培养基上生长8天的菌丝体切碎后拌入灭菌土壤中，栽植农友香兰甜瓜幼苗，经35天后植株发病死亡，病部又形成子囊壳，进行再侵染。
病菌以子囊壳、厚垣孢子、菌丝体或菌核在土壤中及病残体上越冬，厚垣孢子可在土壤中存活5～10年，为主要侵染源。病菌从根部伤口侵入，发病后在病部产生分生孢子，借雨水或浇水传播蔓延，进行重复侵染。高温高湿利于发病，连作、地势低洼、土壤黏重、地下害虫严重，或施用未腐熟肥料烧伤根系等发病严重。根腐病主要通过土壤传播，大水漫灌有利于该病蔓延。据试验，在PDA平面培养基上生长8天的菌丝体切碎后拌入灭菌土壤中，栽植农友香兰甜瓜幼苗，经35天后植株发病死亡，病部又形成子囊壳，进行再侵染。