病菌潜伏期一般3-13天，最长达40-50天。炭疽病菌在高温、高湿、多雨水的情况下，繁殖快，传染迅速，特别是雨后高温更有利于大流行；晚秋雨少温度低，发病则轻。不同年份发病轻重与当年降雨早晚及雨量大小密切相关，一般降雨早而多的年份发病早而重，干旱年份则轻。
以菌丝在病果、干枝、果台、僵果和潜皮蛾为害的枝条上越冬。翌年5月下旬产生分生孢子，借雨水、昆虫传播。发生流行时一般先形成中心发病株，逐渐向周围蔓延。高温、高湿，特别是雨后高温利于病害流行。苹果炭疽病，一般发病年份，7-8月进入发病盛期，每次雨后出现一次发病高峰。山东、河北、高温、多雨有利于苹果炭疽病流行。
春季产生分生孢子，借风雨、昆虫传播。分生孢子产生芽管直接侵入表皮，也可通过皮孔、伤口侵入果实。侵入后在果面蜡质层等处潜伏，具有潜伏侵染的特点。自苹果落花至8月中下旬，孢子不断侵染幼果。幼果自7月开始发病，每次雨后均有1次发病高峰，烂果脱落。果实生长后期为发病盛期，贮藏期继续发病烂果。
一般密植园、低洼粘土地、排水不良或果树生长郁闭的果园发病较重。病菌可在洋槐上越冬，果园周围植有洋槐则病重。