(1)因地制宜选种抗病杂交种或品种。
(2)加强农业防治，清洁田园，深翻土地，控制菌源；摘除下部老叶、病叶，减少再侵染菌源；降低田间湿度；增施磷、钾肥，加强田间管理，增强植株抗病力。
(3)药剂防治发病初期喷洒75%百菌清可湿性粉剂800倍液或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液、25%苯菌灵乳油800倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，间隔7—10天一次，连防2—3次。
玉米小斑病的防治应该采取综合防治：选择抗病品种，合理密植，合理施肥，排灌，收获后清除田间病株烧掉，选择高效低毒低残留农药。
在发病初期，用10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500～2000倍液或50%异菌脲可湿性粉剂1000～1500倍液喷雾防治。