小麦锈病可进行农业防治和药剂防治。农业防治包括选用抗病品种，适期播种，适当晚播以减轻秋苗期条锈病发生。施足堆肥或腐熟有机肥，增施磷钾肥，合理搭配氮磷钾，增强小麦抗病力。合理灌溉，雨后及时排水降低田间湿度，后期发病重的需适当灌水以减少产量损失，并清除自生麦。
种子处理方面，可用种子质量0.2%的15%三唑酮可湿性粉剂或12.5%烯唑醇可湿性粉剂拌种，或用种子质量0.1%～0.15%的2%戊唑醇湿拌种剂拌种。播前也可用三唑酮（粉锈宁）30克有效成分/100公斤种子进行药剂拌种。
田间喷药在发病初期进行，选用20%三唑酮乳油1500倍液，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂1500倍液，或15%三唑酮可湿性粉剂1000倍液，或25%丙环唑1500倍液，或12.5%烯唑醇2000倍液。喷洒药剂时要均匀透彻，每亩喷洒30～45公斤以上。喷后及时检查防治效果，效果不佳时需喷洒第二遍。使用农药应交替使用，避免产生抗药性。