菠菜霜霉病的防治应以预防为主，采取综合防治措施。首先，选用抗病品种或进行药剂拌种，如使用75%百菌清可湿性粉剂拌种，药量为种量的0.4%。实行轮作，注意与葱、蒜类轮作，避免连作，重病田实行2-3年轮作。合理密植，及时间苗，加强通风透光性。科学浇水，雨后及时排水，防止大水漫灌。清洁田园，发现病株及时拔除，收获后及时清除残株病叶，带出田外深埋或烧毁。
加强田间管理，合理密植、科学浇水，防止大水漫灌，加强放风，降低湿度。在菠菜生长阶段适时喷施壮茎灵，使植物杆茎粗壮、叶片肥大，提高菠菜抗病力，减少农药化肥用量，降低残毒，提高菠菜天然品味。
药剂防治方面，发病初期应根据植保要求喷施90%疫霜灵可湿性粉剂、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂等针对性药剂进行防治，并配合喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果。