及时拔除病株，病穴及邻近植株灌淋50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液或40%多·硫悬浮剂500倍液、60%琥·乙膦铝（DTM）可湿性粉剂400倍液、36%甲基硫菌灵悬浮剂400倍液、20%甲基立枯磷乳油900～1000倍液、10%双效灵水剂250倍液，每株灌对好的药液0.5升，也可用10%治萎灵水剂300～400倍液，每株灌对好的药液200毫升，隔10天左右1次，连防2～3次。苦瓜枯萎病如果是根结线虫引起的，必须防治根结线虫。在生长中进行通风、排湿，避免浇水过量，发病后选用速克灵烟剂或扑海因可湿性粉剂、甲基硫菌灵甲基托布津可湿性粉剂进行治疗。
