病毒病又称为花叶病，在干旱、高温等情况下较易发病。防治中应选用优良品种适时播种，生长中注意防治蚜虫。发病初期选用高锰酸钾溶液或病毒灵、抗毒素等农药，隔10至15天喷一次，连续喷3至5次。
软腐病主要危害叶柄基部或茎，在雨水多的环境下非常容易引发病害。发病初期，病部生有许多水渍状斑点，后期变为淡褐色不规则型病斑，病斑发黑发臭，仅残存表皮，呈湿腐状。防治方法：选择抗病品种，与马铃薯、玉米等作物轮作3年以上。加强管理控制株距，及时除草，科学浇水施肥，提高排水能力，降低田间湿度。发病后，可用50%代森铵600～800倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500～600倍液，或38%恶霜嘧铜菌酯800倍液等在叶柄基部和茎基部喷施防治，7-10天喷洒一次。播种前要药物浸种消毒，选择抗性好的种子，对菜地进行杀菌消毒处理。
防治芹菜病毒病时，需在田间发病初期开始喷雾南霉素、盐酸吗啉胍防控病毒蔓延，每隔8天喷雾1次，连续喷雾2~3次。具体用药倍数按照病害危害程度及所选农药使用说明确定。选用抗病品种如美国西芹、脆白芹等。
加强栽培管理：定植时汰出虫苗病苗，清除杂草。推广配方施肥技术，增施农家肥，施用充分腐熟的农家肥，施足磷钾肥。适量控制灌水，避免大水灌溉、过量灌水，促进营养生长，培育健株，提高植株抗病力。
保护地栽培管理：具管棚设施的保护地，使用防虫网，把昆虫挡在棚外，此外，还可用银灰色遮阳网育苗、避蚜防病。选用抗病品种，实行轮作倒茬，做好种子消毒，及时拔出病株，加强水肥管理。