合理密植，保持通风透光，加强肥水管理。采取高畦或起垄栽培，雨后及时排水，严禁大水漫灌。及时整枝或去掉下部老叶，保持通风透光，在果实成熟后及时采收。采用大棚或温室种植，要及时放风，防止湿气滞留。在茄子黑根霉果腐病发病初期喷洒农药防治，药剂可用：77%可杀得可湿性粉剂500倍液、或14%络氨铜水剂300倍液、或50%混杀硫悬浮剂500倍液、或36%甲基托布津悬浮剂600倍液。隔10天喷1次，连续2～3次，采收前5天停止用药。防治方法包括：选用抗病品种；合理轮作；种子处理，苗床消毒；加强栽培以及肥水管理，培育健壮植株，提高抗病能力；清洁田园，减少病源；发病初期及时用药防治。
